Reina Aharen, seorang siswa kecil dan imut dengan suara yang tenang, cukup buruk dalam menentukan jarak dan ruang pribadi. Terkadang dia berada hanya beberapa inci dari wajah kalian, dan di lain waktu, dia sangat jauh! Satu-satunya yang mencoba memahami kelakuannya adalah Raidou Matsuboshi, yang duduk di sampingnya di kelas. Dia memiliki tatapan yang tajam, tetapi pada kenyataannya, dia adalah anak baik dengan imajinasi yang terkadang bisa menjadi liar.

Aharen-san wa Hakarenai menceritakan pasangan aneh ini saat persahabatan aneh mereka mulai berkembang setelah Raidou mengambilkan penghapus Aharen untuknya. Dia salah mengartikan sikapnya dan sekarang percaya bahwa mereka adalah teman baik, menunjukkan bagaimana hal yang paling sederhana dapat menjadi tantangan yang paling rumit bagi mereka.